Le sol se compose de multiples êtres vivants : de bactéries, de champignons, d’algues, des parties souterraines des plantes ainsi que de nombreux animaux (allant des protozoaires aux mammifères). L’arbre quant à lui est un refuge pour la faune, la flore, les champignons et est un véritable relai vis-à-vis de la vie présente dans le sol. Il participe au cycle de la matière et aux réseaux alimentaires. Le tronc fait le lien entre les parties souterraines et aériennes. Les racines devenant de plus en plus fines sont des radicelles. Elles possèdent des poils absorbants et/ou des champignons qui leurs sont associés qui captent l’eau et les bioéléments nécessaires à la nutrition de la plante.