L’humus rassemble l’ensemble des constituants organiques du sol. Les cadavres d’animaux entrent rapidement en décomposition dans le sol sous l’action des bactéries, des champignons et des invertébrés. Les excréments de grands mammifères disparaissent par l’intermédiaire d’insectes et champignons s’y nourrissant et s’y reproduisant. On les appelle des coprophiles. Une forêt naturelle où l’homme intervient peu ou pas, compte de nombreux arbres morts sur pieds ou couchés.

Un tronc ou une souche en décomposition font partie intégrante de la litière du sol bien qu’il faille plusieurs dizaines d’années avant que celui ne disparaisse totalement. Tout au long de cette décomposition, les champignons interviennent ainsi que les insectes qui s’y attaquent pour se nourrir, s’y reproduire et s’y abriter en hébergeant leurs larves dans ces multiples cavités. Les champignons quant à eux colonisent les structures poreuses du bois comme du sol.

Le tronc à l’état de pourriture devient humus (au bout de plusieurs dizaines d’années).

Sous l’action de l’oxygène, des insectes, des champignons et de la macrofaune, le sol se décompose : on appelle cela l’humification. Cette phase renferme des composés qui formeront par la suite l’humus et notamment de l’engrais. Il améliore la fertilité des sols à long terme (on peut aussi faire du compost pour améliorer la production au jardin, en mettant toutes les épluchures de fruits et légumes, des déchets de jardin,... dans un bac spécifique - ces composts de jardins sont aussi une source de nourriture pour de nombreux insectes utiles et même aux oiseaux).